松前城資料館は、国指定史跡「松前氏城跡福山城跡」指定地内に位置しています。 福山城は松前城とも呼ばれ、北辺警備の重要性から幕府が特旨をもって築城を命じたもので、高崎藩の兵学者市川一学の設計により、嘉永３年に着工、安政元年に完成した、最後の日本式城郭です。明治8年までに城内は開拓史の命によって取り壊しとなりましたが、その際残された三層天守と本丸御門、東塀は昭和16年、国宝に指定されました。
しかし、昭和24年6月5日、役場火災の飛火により、国宝であった福山城（松前城）の木造天守が焼失しました。その後、天守再建期成会により全道的な再建運動が展開され、横浜国立大学工学部・大岡實教授の設計のもと、昭和35年に鉄筋コンクリート製の復興天守が完成します。翌年、付帯施設が竣工し、復興天守は松前城資料館としてオープンしました。